La DAFE organise la carte des formations agricoles, le contrôle des établissements d’enseignement agricole, la gestion des moyens qui leur sont dédiés et l’accompagnement des lycées dans les cinq missions de l’enseignement agricole (formation, insertion, expérimentation, animation du territoire et coopération internationale). D'autre part, elle valide les certifications du Certiphyto-NC qui encadrent la vente et l'utilisation des produits phytopharmaceutiques à usage agricole.