L'AIFE a pour mission de définir et de mettre en œuvre la stratégie informatique financière de l’État. Elle est chargée notamment de la conception, du développement et de la coordination du déploiement des nouveaux systèmes d'information budgétaire, financière et comptable de l'État et, plus précisément de Chorus, application de gestion des finances de l’État, qui met en œuvre les dispositions de la LOLF (loi d'orientation des lois de finances).