La mission de l'infrastructure, de l'exploitation et de la sécurité (IES) acquiert et assure le maintien en condition opérationnelle de tous les équipements d'infrastructures lourdes, notamment les deux centres de données du ministère de l'Europe et des Affaires étrangères et les passerelles de sécurité. La mission de l'infrastructure, de l'exploitation et de la sécurité garantit la continuité de service des systèmes d'information et notamment ceux ayant trait aux communications sécurisées, administre et supervise l'ensemble des systèmes et des réseaux. La mission de l'infrastructure, de l'exploitation et de la sécurité assure la cyberdéfense du système d'information en son Centre Opérationnel de Sécurité (COSAE).