L’Agence des aires marines protégées a été intégrée à l'Agence française de la biodiversité au 1er janvier 2017. L’Agence des aires marines protégées a pour principales missions : l’appui aux politiques publiques de création et de gestion d’aires marines protégées sur l’ensemble du domaine maritime français, l’animation du réseau des aires marines protégées, le soutien technique et financier aux parcs naturels marins, le renforcement du potentiel français dans les négociations internationales sur la mer.