Placé auprès du ministre dont il dépend, le Haut fonctionnaire de défense et de sécurité (HFDS) anime et coordonne la politique du ministère en matière de défense, de vigilance, de prévention de crise et de situation d'urgence. Depuis 1986, le HFDS est également chargé de la sécurité des systèmes d'information. Les activités du HFDS concernent l'organisation des plans de défense (catastrophes, terrorisme, crises), l'application des plans de sécurité publique comme le plan Vigipirate, l'habilitation au secret défense des personnes ayant à connaître des informations sensibles. Dans le cadre de son activité (et seulement dans ce cadre), le HFDS a autorité sur l'ensemble des services du ministère concerné. En liaison permanente avec le Secrétaire général de la défense nationale et avec ses homologues des autres ministères, il est le conseiller du ministre pour toutes les questions relatives à la défense et aux situations d’urgence.