Le CISIRH est un service à compétence nationale rattaché à trois directions : direction générale de l’Administration et de la Fonction publique (DGAFP), direction générale des Finances publiques (DGFIP) et direction du Budget (DB). Il contribue au programme de modernisation de la chaîne RH-paye de l'État. Son offre de services est destinée à ses directions de rattachement, aux ministères et à leurs établissements publics ; elle couvre l'ensemble des aspects réglementaires, fonctionnels et informatiques.