Les domaines d’activité du laboratoire de Lyon sont multiples, couvrant la santé animale, la sécurité sanitaire des aliments et la santé des végétaux. Polyvalent et positionné sur cinq des six axes stratégiques transversaux de l'Anses, le laboratoire de Lyon intervient dans les domaines suivants : L’antibiorésistance, L’épidémiologie et la surveillance en santé animale, en sécurité sanitaire des aliments, en santé végétale, et pour l’antibiorésistance L’exposition et la toxicologie des contaminants chimiques, et en particulier leur lien avec l’agrégation protéique observée dans les maladies neuro-dégénératives animales et humaines, la santé animale, via la problématique des mycoplasmoses animale, la santé végétale, via l’étude de résistances aux produits de protection des plantes.